L'archivio Doria Pamphilj di Roma costituisce un esempio illustre di archivio storico, poiché si configura come un complesso documentario importante non solo per la storia civile (intesa soprattutto come storia della proprietà feudale) ma anche per quella politica e religiosa.

Formatosi per conservare documenti relativi alla storia e agli affari della famiglia, esso è ormai un bene di carattere nazionale, grazie al ruolo che i Doria e i Pamphilj ebbero nella storia della penisola italiana. Ne dà prova la Dichiarazione di notevole interesse storico, emessa nel 1965 dalla Soprintendenza Archivistica per il Lazio.

Documenti cartacei e pergamenacei, prodotti tra il IX e il XX secolo, compongono i fondi eterogenei dell'archivio che si formò a Genova per iniziativa di Andrea I Doria (1466-1560), ammiraglio genovese che dal 1528 offrì le sue galere alla corona spagnola, in cambio di danaro e privilegi nella navigazione (asiento).

Divenuto principe di Melfi nel 1531 per concessione di Carlo V, Andrea poté trasmettere al nipote, Giovanni Andrea I (1540-1606), titolo e ruolo nella politica spagnola del Mediterraneo. Nominato Generale del Mare nel 1583, Giannandrea divenne Consigliere di Stato a Madrid (1594). Molti sono gli episodi della storia europea che lo videro protagonista, come la battaglia di Lepanto (1571), e di cui resta traccia nei documenti.

Benché lo spostamento dell'asse commerciale sull'Atlantico segnasse il declino delle galere come mezzo di trasporto, i membri della famiglia rimasero attivi nella politica europea.

Giovanni Andrea II Doria (1570-1612) arricchì l'archivio con il Fondo Landi, confluito grazie al matrimonio con Maria Polissena (1608-1679), unica erede di Federico Landi, principe di Valditaro e signore di Bardi e Compiano. L'archivio Landi fu trasferito a Genova nel 1682 quando la famiglia fu costretta a vendere i propri beni ai Farnese. A questo fondo appartengono le 3000 pergamene latine, la più antica delle quali risale al IX secolo. Si tratta di un diploma con cui l'imperatore Ludovico II rinnova le concessioni e conferma le proprietà al monastero di S. Colombano di Bobbio (2 febbraio 863).

I Pamphilj, principi romani originari di Gubbio, dovettero molta della loro fortuna a un'accorta politica matrimoniale fin da quando Pamphilio Pamphilj sposò, nel 1612, Olimpia Maidalchini (1592/4-1657), una ricca vedova che con il suo patrimonio permise al cognato Giovan Battista (1574-1655) di intraprendere la carriera religiosa.
Nunzio a Napoli (1621) e a Madrid (1626), egli fu nominato cardinale con il titolo di S. Eusebio nel 1629, per diventare papa nel 1644 con il nome di Innocenzo X. L'ingerenza di Olimpia nella politica di quegli anni è testimoniata da carteggi e documenti pontifici, conservati nell'archivio insieme alle memorie della famiglia Maidalchini.

Nel 1647 Camillo Pamphilj seniore (1622-1666), figlio primogenito di Olimpia Maidalchini e nipote del papa, sposò Olimpia Aldobrandini giuniore (1623-1681), erede universale del patrimonio di famiglia. Tra i documenti più interessanti del fondo Aldobrandini sono i carteggi dei cardinali Pietro e Cinzio Aldobrandini, segretari di Stato di papa Clemente VIII (1592-1605), e di Olimpia Aldobrandini seniore (1567-1637) con la figlia Margherita, moglie di Ranuccio I Farnese, che dal 1622 esercitò la reggenza sul ducato di Parma insieme al cognato, il cardinale Odoardo Farnese.

A Olimpia seniore risalirebbe la presenza nell'archivio di un corpus di pergamene in lingua latina e greca provenienti dal monastero archimandritale dei santi Elia e Anastasio a Carbone. Fondato nel X secolo da san Luca di Armento, il monastero, soppresso dal governo francese nel 1809, faceva parte della diocesi di Rossano Calabro di cui Olimpia fu principessa .

Un altro matrimonio illustre, celebrato nel 1671 tra Giovan Battista Pamphilj (1648-1709) e Violante Facchinetti (1649-1716), guadagnò all'archivio il fondo Facchinetti che ha permesso di chiarire alcune provenienze di dipinti eccellenti nella collezione come la Susanna e i vecchioni, restituita ad Annibale Carracci.

La fusione dei fondi che compongono l'attuale archivio Doria Pamphilj si deve all'unione tra i Doria di Genova e i Pamphilj, grazie al matrimonio tra Giovanni Andrea III Doria (1653-1737) e la pronipote di Innocenzo X, Anna Pamphilj (1652-1728), celebrato nel 1671.

Nel 1760 Giovanni Andrea IV Doria Pamphilj (1704-1765) spostò la sede della famiglia a Roma e il figlio Andrea IV (1747-1820), assumendo ufficialmente il nome dei Pamphilj, trasformò il casato da genovese in romano. Fu solo nel 1854 però che i Doria Pamphilj vennero iscritti all'albo delle famiglie nobili romane e l'archivio fu trasferito a Roma da Filippo Andrea V (1813-1876).

Poco prima del 1870 tutto il materiale conservato nei feudi di Casa Doria (Genova, Melfi, Romagna, Lazio) fu trasportato a Roma, dove fu sistemato nel corso di un ordinamento che si protrasse fino al 1890. Nel 1879 Andrea Busiri Vici, architetto di palazzo, firmò il progetto di sistemazione interna, dando all'archivio l'aspetto attuale.