Il "Riposo durante la fuga in Egitto" è uno dei capolavori della produzione giovanile di Caravaggio. La composizione è scompartita dalla figura dell'angelo di spalle, intento a suonare il violino, un elemento iconografico piuttosto innovativo, che ha solo qualche sporadico precedente nella tradizione figurativa italiana.

A sinistra S. Giuseppe, raffigurato in maniera molto realistica, vecchio e affaticato, sorregge lo spartito; la sua testa è giustapposta a quella dell'asino. Da notare, all'estremo angolo sinistro, il fiasco otturato da uno straccio e con parte del cordame scollato, traccia notevole della vocazione del pittore alla natura morta, ovvero alla rappresentazione vivida ed efficace degli oggetti inanimati.

A destra dell'angelo, circondata da una vegetazione rigogliosa, si trova la Madonna addormentata con il Bambino in braccio. Entrambi sono raffigurati in maniera idealizzata e la bellezza dei loro tratti contrasta con la resa naturalistica del S. Giuseppe.

Il "Riposo durante la fuga in Egitto" è il primo quadro con una storia biblica e di grande formato dipinto dal giovane Caravaggio. Arrivato a Roma agli inizi degli anni Novanta, Caravaggio aveva infatti esordito con quadri di piccole dimensioni a tema profano e allegorico; i suoi soggetti erano figure isolate o gruppi di personaggi a mezzobusto, come per esempio il "Bacchino malato" e il "Ragazzo con la cesta di frutta" della Galleria Borghese, oppure il "Concerto" di New York e i "Bari" di Forth Worth.

Nel "Riposo" databile intorno al 1595, sono ancora evidenti, nella trattazione del paesaggio sullo sfondo e nelle tonalità luminose, la formazione lombarda e il retaggio veneto del pittore.

Una delle caratteristiche di Caravaggio era, secondo i biografi contemporanei, il dipingere "con l'esempio davanti del naturale ", cioè servendosi del modello.

La critica moderna ha trovato una conferma a questa testimonianza, nel ravvisare la presenza ricorrente di alcune figure nei dipinti di questi anni: per la Madonna sembra infatti che il pittore abbia usato la stessa modella che posò per la "Maddalena" della Galleria Doria; nel profilo delicato dell'angelo si può riconoscere lo stesso giovane che prestò i lineamenti all'ingenuo giocatore truffato dai bari nella tela di Forth Worth.

Le note sullo spartito non sono tracciate in modo casuale, ma seguono una vera partitura musicale. Si tratta, come è stato chiarito recentemente, di un mottetto scritto dal compositore fiammingo Noel Bauldwijn. Il testo, tratto dal Cantico dei Cantici e dedicato alla Madonna, comincia "Quam pulchra es", "come sei bella".

Il tema della musica riporta anche al raffinato ambiente di committenza di Caravaggio, in cui concerti e trattenimenti serali erano apprezzati e frequenti.