La zona centrale della parete senza finestre era organizzata intorno al Ritratto di Innocenzo X, ora sostituito da una copia affiancato da due dipinti di Guercino raffiguranti santi particolarmente cari al pontefice: l'eponimo San Giovanni Battista e Sant'Agnese. Di grande importanza sono alcuni dipinti cinquecenteschi esposti in questo braccio.

Fra le opere dei pittori fiamminghi si segnalano la Battaglia nel porto di Napoli di Pieter Brughel il vecchio, uno dei rarissimi documenti del passaggio in Italia del pittore.